L'action de lutte de la WWE revient dans WWE SmackDown! vs RAW 2006. Le jeu comprend désormais des systèmes de momentum et d'endurance pour rendre les matchs plus authentiques et nécessiter plus de stratégie.
Vous pouvez jouer à travers un mode de saison étendu qui fournit deux saisons complètes sans répétition de l'histoire.
Le jeu propose également 100 types de matchs différents, un vestiaire 3D et de nouveaux catcheurs.