Shadow the Hedgehog est un jeu d'action/plates-formes se penchant sur ce personnage méconnu de l'univers de Sonic, créé à la base par le professeur Robotnik.
Une armée d'extraterrestres envahit la Terre. Le chef, Black Doom, semble bien vous connaître et vous ordonne de récupérer les Chaos Emeralds.
Qu'allez-vous faire ? Rallier la cause des humains ? Obéir à Black Doom ? Garder les émeraudes pour vous ?
