Dans l'atmosphère déchirée par la guerre et empoisonnée de Nu Earth, Rogue Trooper est un fantassin génétique, l'un d'une escouade d'élite de troupes de clones de génie biologique, créé pour surmonter l'atmosphère hostile de la planète, sans entraves dans leur lutte contre l'ennemi, la République du Nord.
Après avoir été témoin de la trahison et de l'anéantissement de son équipe lors du massacre de Quartz Zone, Rogue est devenu AWOL, déterminé à traquer le traître qui a envoyé ses frères d'armes à leur mort.
Armé des dernières armes expérimentales, l'arsenal de Rogue lui offre un avantage critique sur ses adversaires; des biopuces encodées contenant les personnalités numérisées de ses camarades tombés au combat sont stockées dans son arme, son casque et son sac à dos, chacun offrant leur expertise et leur assistance uniques, permettant à Rogue de déjouer stratégiquement un ennemi sophistiqué.
Le jeu est un mélange d'action intense à la 3ème personne et d'éléments de furtivité de nouvelle génération, avec une IA en ligne de vue complexe, plusieurs voies de jeu, une utilisation tactique complète de votre équipement à puce biologique et un gameplay en ligne à la fois solo et multijoueur.