Dans l'atmosphère empoisonnée et déchirée par la guerre de Nu Earth, Rogue Trooper est un fantassin génétique, faisant partie d'une escouade d'élite de troupes de clones biologiquement conçues, créées pour vaincre l'atmosphère hostile de la planète, sans entrave dans leur combat contre l'ennemi, la République du Nord.
Après avoir été témoin de la trahison et de l'anéantissement de son équipe lors du massacre de la zone de quartz, Rogue est devenu AWOL, déterminé à traquer le traître qui a envoyé ses frères d'armes à leur mort. Armé des dernières armes expérimentales, l'arsenal de Rogue lui offre un avantage critique sur ses adversaires;
Des biopuces encodées contenant les personnalités numérisées de ses camarades tombés au combat sont stockées dans son arme, son casque et son sac à dos, chacun offrant leur expertise et leur assistance uniques, permettant à Rogue de déjouer stratégiquement un ennemi sophistiqué.
Le jeu est un mélange d'actions intenses à la troisième personne et d'éléments furtifs de nouvelle génération, avec une intelligence artificielle complexe en ligne de mire, plusieurs chemins de jeu, une utilisation tactique complète de votre équipement exploité par bio-puce et un gameplay en ligne à la fois en solo et en multijoueur.