Plusieurs années après la fin de Risen, des titans enragés ont dévasté le monde et poussé l’humanité au bord de l’existence.
Par la suite, des créatures monstrueuses sont sorties des profondeurs de la mer et leurs attaques ont stoppé toute navigation.
Le héros, désormais membre de l'Inquisition, est envoyé pour découvrir comment mettre fin au chaos provoqué par ces créatures des profondeurs.
Sa quête commence avec des rumeurs selon lesquelles les pirates qui fréquentent les îles du sud seraient les seuls à connaître un moyen de se débarrasser une fois pour toutes des créatures et de mettre fin à leur règne de terreur.
