Situé dans les semaines qui suivent Resistance: Fall of Man, Resistance: Retribution suit l'histoire de l'ancien marine britannique James Grayson.
Après une tragédie personnelle, il est obligé de tuer son propre frère à l'intérieur d'un centre de conversion de Chimeran. Grayson se lance dans une vendetta pour détruire tous les centres de conversion qu'il peut trouver.
Finalement, Grayson apprend que ses efforts ont été vains. En Europe occidentale, les Chimères ont développé une nouvelle méthode de conversion des humains en extraterrestres.
La résistance européenne - le Maquis - demande l'aide de Grayson, et il rejoint Cartwright et Parker dans l'opération Overstrike.
La guerre pour reprendre le continent européen a commencé.
