Basé sur la série arcade classique Rainbow Islands, Rainbow Islands Revolution se déroule une fois de plus dans les prétendues îles arc-en-ciel où Bub et Bob sont maintenant à l'ombre d'une maison de disques maléfique qui pollue l'écosystème avec un chant musical constant et produit en masse.
Seuls Bub et Bob ont l'expérience pour affronter la maison de disques et ses sept patrons, ouvrant ainsi la voie à une toute nouvelle aventure.
Chaque niveau est une île qui s'enfonce lentement dans la mer, et le joueur doit atteindre le sommet de chaque niveau, en sautant sur des plates-formes et en utilisant la caractéristique la plus distinctive du jeu: la capacité de produire des arcs-en-ciel solides, qui sont utilisés à la fois comme plates-formes pour se tenir debout et comme une arme.
