Dans Prey, vous vous réveillez au cours de l'année 2032 à bord de Talos I, une station spatiale en orbite autour de la lune.
Vous êtes le sujet d'une expérience moralement douteuse destinée à améliorer le genre humain lorsque la situation tourne au cauchemar.
La station spatiale est envahie par des extraterrestres hostiles dont vous êtes la proie.
Pour découvrir les secrets de Talos I et ceux de votre passé, vous devrez survivre grâce aux outils trouvés dans la station, votre perspicacité, des armes et compétences hallucinantes.