Naruto Shippuden : Naruto vs Sasuke est un jeu d'action dans lequel le gameplay est orienté à la fois plates-formes et beat'em all.
Le scénario débute avec l'arrivée de Sai et Kabuto et se focalise sur la recherche de Sasuke par Naruto et ses compagnons.
Il est possible de switcher librement entre les différents personnages et de recourir à des attaques combinées.