Millipede est un jeu de tir qui reprend le concept de son prédécesseur Centipede. Il s'agit toujours d'éliminer un mille-pattes en transformant les différentes parties de son corps en champignon. Des insectes malveillants surgissent également à l'écran, dont des scorpions, des araignées et des puces, mais il y a aussi des gentils insectes comme les chenilles.