Men in Black : Alien Crisis est un jeu mêlant action, infiltration, enquête et courses-poursuites.
On y dirige un archéologue embauché temporairement par l'agence des Men in Black, et qui doit participer à une série de missions avec sa partenaire, l'agent C.
On dispose d'un arsenal conséquent et de quelques accessoires permettant d'affronter nos ennemis, dans les phases de rail-shooters prépondérantes.