Il y a un million d'histoires à Liberty City. Celui-ci change tout. Autrefois un sage de confiance dans la famille du crime Leone, Toni Cipriani a été forcé de se cacher après avoir tué un homme fait. Maintenant il est de retour et il est temps que les choses se règlent.
Les rues de Liberty City sont en ébullition. Les mafiosi en guerre se disputent le contrôle alors que la ville commence à s'autodétruire sous des vagues de corruption politique, de crime organisé, de trafic de drogue et de grèves syndicales. Personne ne peut faire confiance alors que Toni essaie de nettoyer le désordre de la pègre chaotique de la ville.
Des tueur à gages dérangés, des magnats moralement dépravés, des politiciens cyniques et sa propre mère se dressent sur son chemin alors que Toni tente de mettre la ville sous le contrôle de Leone.
Contraint de se battre pour sa vie dans une odyssée qui ébranlera Liberty City jusqu'à ses fondations, Toni doit utiliser tous les moyens nécessaires pour assurer sa place à la direction de la famille Leone dans une ville à gagner.