Dans un futur proche, des créatures inconnues qui " assimilent " toutes formes de vies, appelées Aragamis, ont forcé l'humanité à se cacher pour survivre. Un dernier espoir a été placé dans quelques individus sans peur appelés " God Eaters " qui ont la capacité de riposter face à l'ennemi en utilisant l'arme biologique " Arme Divine " développée par la société de biochimie " Fenrir ".
Cependant une nouvelle menace est apparue lorsque les " Terres de cendre ", une nouvelle particule flottant dans l'air, s'est développée et a transformé toute structure en cendres. Aucune branche de Fenrir n'a pu résister à l'invasion des " Terres de cendre ", entraînant l'effondrement du système entier.
Pour survivre à cette menace, les survivants ont construit des bases souterraines, appelées " FORT ", dans des lieux cachés. Ils ont également créé une nouvelle génération de soldats appelée " God Eater Adaptatifs " ou " GEA ", présentant une grande résistance aux " Terres de cendre ", et qui continue à lutter pour l'avenir de l'Humanité.
