Firefly Swamp est en train de mourir et les grenouilles du Conseil des Anciens ont demandé à Frogger de le sauver !
Pour ce faire, Frogger doit entreprendre une quête épuisante pour collecter les éléments sacrés nécessaires au maintien en vie du marais.
Ces éléments ont été volés par le maléfique Mr. D et ont été répartis dans quatre mondes périlleux.
Frogger doit voyager dans chaque monde pour récupérer les éléments volés et vaincre les méchants hommes de main de M. D. Alors et seulement alors, il pourra entrer dans le Temple de la Grenouille pour affronter le perfide M. D.