Mankind Divided se déroule immédiatement à la suite de l'évènement « Aug Incident », jour au cours duquel les citoyens du monde entier ayant subi des augmentations mécaniques furent privés du contrôle de leurs esprits et de leurs corps, provoquant la mort de millions d'innocents.
Nous sommes maintenant en 2029, et l'âge d'or des augmentations est révolu. Les humains augmentés mécaniquement sont considérés comme des marginaux et isolés du reste de la société.
Les crimes et les actes terroristes servent à camoufler un complot planétaire visant à contrôler le futur de l'humanité