Dans Away, shuffle dungeon, le joueur incarne Sword, un garçon de 17 ans qui vit dans le village Webb. Depuis un siècle, les habitants de ce village sont victimes d'une malédiction, et certains disparaissent régulièrement sans laisser de trace.
Sword se retrouve tout seul le jour où la population entière se volatilise après le sacrifice de la jeune Anella. Guidé par une mystérieuse lumière, notre héros doit alors partir explorer le donjon Shuffle pour espérer trouver des réponses.