Jérusalem, 1191 ap. J.-C. C'est la troisième croisade. La Terre sainte est à feu et à sang. Vous incarnez Altaïr, un Assassin d'élite, chargé de mettre un terme aux hostilités en s'attaquant à la fois aux croisés et aux Sarrasins.
Mais votre mission va mettre à jour les rouages d'une véritable machination et vous plonger au coeur d'un conflit qui menace la Terre sainte et le reste du monde.