Les Gardiens du Temps ont prévu l'arrivée de Flynn et des Skylanders, cherchant leur aide pour découvrir ce qui fait que le temps lui-même revient en arrière à plusieurs reprises.
Lorsque la Tour du Temps fait soudainement reculer le temps lui-même, Flynn rencontre son moi passé et les deux se lient immédiatement d'amitié avant de retourner dans le présent.
Une fois sur place, le gardien du temps principal et les deux Flynn découvrent que l'oiseau méchant local, Cluck , a pris le contrôle de Clock Town avec une armée de Trolls du Temps après avoir acquis une nouvelle combinaison mécanique auprès d'eux, faisant de la Tour du Temps sa nouvelle maison.
Malgré les dangers qui entourent le Bourg de l'Horloge, les Skylanders ont réussi à récupérer trois engrenages colorés des anciens nids de Cluck, nécessaires pour entrer dans la Tour du Temps afin d'arrêter l'oiseau maléfique.
Une fois à l'intérieur, ils ont affronté Cluck dans la Tour de l'Horloge et l'ont vaincu, détruisant ainsi son armure mécanique. Cluck jure de se venger alors qu'il s'envole maladroitement hors de la Tour du Temps.
Alors que le temps est correctement restauré, le Flynn actuel et le Flynn du passé se séparent vers leurs périodes temporelles respectives, convenant que « l'univers ne pouvait supporter qu'un certain nombre de choses géniales à la fois » et qu'ils sont tous les deux les meilleurs.
